Originaire de Manchester, Jonathan Cohen est violoncelliste, chef d’orchestre et joueur d’instruments à clavier. Il est régulièrement sollicité comme chef d’orchestre assistant d’Emmanuelle Haïm et de William Christie.
Il participe aux représentations d’Orfeo (Monteverdi) au Châtelet et de Jules César à Lille avec Emmanuelle Haïm. Il se produit dans Les Paladins (Rameau), Idoménée (Mozart), L’Allegro, Il penseroso ed il moderato (Haendel) et La Création (Haydn) avec William Christie et Les Arts Florissants.
En 2008, il seconde Emmanuelle Haïm dans L’Incoronazione di Poppea (Monteverdi) au festival de Glyndebourne, puis dirige à l’Opéra Comique deux représentations de Zampa, un programme consacré à Purcell, et assiste William Christie sur Dido and Aeneas. En 2009/2010, il dirige les Arts Florissants dans Dido and Aeneas (Amsterdam, New York), Glück, Haydn, Mozart (Alès, Londres et Paris), The Fairy Queen (New York) et Actéon (New York).