Nicolas Krüger reçoit une formation de pianiste auprès d'Alain Planès. Il poursuit ses études au Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris où il obtient entre 1992 et 2002 les prix d'harmonie, contrepoint, accompagnement au piano, direction de chant, orchestration et direction d'orchestre.
Il est durant la même période chef de chant dans de nombreuses maisons d'opéra et à l'Orchestre de Paris où il collabore régulièrement avec des chefs tels que Pierre Boulez, Lorin Maazel, Frans Brüggen ou Christoph Eschenbach, avant de s'orienter lui-même pleinement vers la direction d'orchestre.
Particulièrement impliqué dans le lyrique, il possède d'ores et déjà un vaste répertoire dans ce domaine. Il a notamment été directeur musical sur La Voix Humaine de F. Poulenc et Pelléas et Mélisande de C. Debussy à l'opéra de Rouen, a dirigé Les Dialogues des Carmélites de F. Poulenc à l'Opéra de Gand, La Périchole et Carmen à l'Opéra de Lille, Don Giovanni à Nice avec l'orchestre de l'Opéra de Prague. Il était à l'Opéra d'Anvers pour Don Carlo de Verdi. À l'Opéra de Toulon, il dirige Les Brigands d'Offenbach dans la mise en scène de J. Deschamps et Macha Makeïeff, Le Barbier de Séville et bientôt La Belle Hélène.
Il est l'invité régulier de l'Orchestre National de Lille et de l'Orchestre de l'Opéra de Toulon. Il a par ailleurs fait récemment des débuts remarqués avec le Kölner Kammerorchester et a dirigé une Damnation de Faust à l'Opéra de Rouen qui a donné lieu à une captation pour France télévision. Il a encore dirigé Les Mamelles de Tiresias à l'Opéra de Bangkok, l'Orchestre d'Auvergne, The Turn of the Screw de Britten au Grand Théâtre de Calais, Carmen au tout nouvel opéra de Vladivostok. Il retrouvera prochainement le Kölner Kammerorchester, fera ses débuts à l'Orchestre de Leipzig, à l'orchestre de Basse-Normandie et à l'Opéra de Limoge.
Nicolas Krüger enseigne chaque été l'interprétation des opéras de Mozart au sein de la prestigieuse Académie du Festival d'Aix-en-Provence. Il fut aussi à plusieurs reprises le proche collaborateur du chef d'orchestre Louis Langrée, notamment dans le domaine de l'opéra, au Festival d'Aix-en-Provence ainsi qu'à l'Opéra Comique. Chef associé du Chœur de Chambre Accentus entre 2002 et 2007, il entretient une relation privilégiée avec cet ensemble qu'il dirige à plusieurs reprises à Paris et Berlin.
Par la suite, il remporte le concours lui ouvrant le poste de chef associé des célèbres BBC Singers à Londres, avec lesquels il enregistre plusieurs programmes pour Radio 3. Il est parallèlement en charge des chœurs au Festival d'Aix-en-Provence.
Dans l'esprit de maîtres tels que D. Barenboim, W. Sawallisch ou Ch. Eschenbach, il continue avec plaisir à se produire en récital avec des chanteurs. On a pu l'entendre au Festival d'Aldeburgh, au Festival d'Aix-en-Provence, au Festival de Saintes ainsi qu'à l'Opéra de Lille et en tournée au Japon et en Allemagne, en compagnie de chanteurs comme François Leroux, Karen Vourc'h, ou sa partenaire privilégiée de récital Salomé Haller, avec laquelle il s'est produit entre autres à l'Opéra-Comique et au Palazzetto Bru Zane à Venise. On l'entendra bientôt au côté de Stéphanie d'Oustrac.
Parmi les enregistrements gravés par Nicolas Krüger, on peut citer :
- Les Impromptus et mélodies d'Henry Barraud (1900-1997), Maguelone ;
- Das Irdische Leben (La Vie Terrestre), Label Zig-Zag (disque qui a obtenu le Diapason d'or "découverte") ;
- Ernest Chausson : Poème de l'Amour et de la Mer, Label Zig-Zag ;
- Une rétrospective de l'œuvre de Vincent Paulet, Label Hortus.